Die Sektion „Wissenschaftliche Bibliotheken“ berät das MWK zu aktuellen Fragen, Entwicklungen und Perspektiven des wissenschaftlichen Bibliotheks- und Informationswesens und trägt zur Zusammenarbeit und Vernetzung der wissenschaftlichen Bibliotheken in Niedersachsen bei.
Die Sektion W besteht aus den Leiterinnen und Leitern der dem Niedersächsischen Ministerium für Wissenschaft und Kultur zugeordneten Universitäts-, Hochschul- und Landesbibliotheken, sowie der Bibliothek der Ostfriesischen Landschaft und der Verbundzentrale des Gemeinsamen Bibliotheksverbundes.
Sie tagt in der Regel dreimal jährlich, davon einmal während einer zweitägigen Klausurtagung gemeinsam mit der Sektion K. Wichtige bibliotheksübergreifende Themen werden darüber hinaus in Arbeitsgruppen behandelt, in die die Mitglieder Fachleute aus ihren Bibliotheken entsenden können. Ständige Arbeitsgruppen sind derzeit die AG Ausbildung, die AG Bestandserhaltung und die AG Niedersachsen-Konsortium.